A Secretaria Executiva está subordinada ao Núcleo de Coordenação. Sua função é coordenar e executar as deliberações do Núcleo de Coordenação e do Plenário. Dentre as funções administrativas, tem a responsabilidade de zelar pela organização, manutenção, acervo, armazenamento da documentação e pela conservação dos bens móveis e imóveis do CMS/POA. A Secretaria Executiva é composta por uma trabalhadora assistente administrativa, quatro pessoas estagiárias de nível médio, e duas assessorias técnicas.