Porto Alegre dispõe de mecanismos próprios de cuidado aos indígenas, de forma articulada com a Secretaria Especial de Saúde Indígena (SESAI). Por demanda das próprias comunidades indígenas, tendo o projeto aprovado pelo Conselho Municipal de Saúde, foi criada uma Equipe Multidisciplinar de Saúde Indígena (EMSI) no âmbito municipal.

Com sede na Aldeia Kaingang Fág Nhin (Lomba do Pinheiro), a Unidade de Saúde Indígena é vinculada a Gerência Distrital Partenon/Lomba do Pinheiro. Implantada em 2013, a equipe é itinerante atendendo 5 aldeias (as Aldeias Kaingang: Fág Nhin, Tupe Pen, Van-Ká, Komág e a Charrua: Polidoro).

Caracterizando-se como um diferencial de atuação dos municípios na saúde indígena, a EMSI Porto Alegre é formada por 1 médica vinculada ao Programa Mais Médicos, 1 enfermeira, 1 cirurgiã dentista, 1 auxiliar de saúde bucal, 2 técnicos de enfermagem, 5 agentes indígenas de saúde e 3 agentes indígenas de saneamento.

As Unidades de Saúde do município, cujos territórios de atuação contemplam a presença de outras comunidades indígenas, são assessoradas pela área técnica, que busca subsidiar as equipes de informações necessárias para a realização de um atendimento adequado, conforme preconiza a legislação vigente.

Outros níveis de atenção, como centros de especialidades e hospitais, são articulados de acordo com cada território, e também são assessorados de forma compartilhada com as demais esferas de gestão da política (federal e estadual).